国家高新技术企业是由 科技部、财政部、税务总局组成的全国高新技术企业认定管理工作领导小组进行认定的。该领导小组负责确定全国高新技术企业认定管理工作方向、审议管理工作报告、协调解决认定及相关落实中的重大问题、裁决重大争议以及监督检查各地区认定工作。
具体认定流程上，企业需要提交高新技术企业认定材料，经县市级科技局高新科办公室审核并公示，公示期一般为5天左右，无疑义后方可制定、盖章，并颁发高新技术企业认定证书。证书有效期为3年，期间企业需要定期提交年报等有效数据，以继续享受高新技术企业的扶持与优惠政策。
因此，国家高新技术企业的认定证书是由科技部、财政部、税务总局联合颁发的。
