摩托车扣分后交罚款的时间限制如下：
现场处罚：
驾驶员必须在15天之内缴纳罚款。如果未在15个工作日内处理，会产生交通罚款滞纳金，滞纳金按3%比例收取，上限不超过罚款。
电子眼记录：
原则上缴纳罚款的时间没有限制，但在摩托车年检前必须处理完所有的违章记录。
记分周期：
摩托车驾照的积分周期设定为12个月，记分周期从机动车驾驶证初领之时算起。
扣分清除：
在一个记分周期内，如果扣分数目不满12分，则下一个记分周期开始时原有记分自动清零。如果在一个记分周期内记分达到12分，驾驶人需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习和考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
综上所述，摩托车扣分后交罚款的时间限制主要取决于违章类型（现场处罚或电子眼记录），而记分周期为12个月，扣分清除则需参加学习和考试。建议驾驶员在违章后尽快缴纳罚款，并在记分周期结束前处理所有违章记录，以避免产生不必要的滞纳金和可能的法律后果。
