冻结股权的主要部门包括：
人民法院：
在涉及诉讼保全或执行案件时，人民法院有权根据当事人的申请或者依职权对被告或者被执行人的股权进行冻结。法院通过向相关企业登记机关送达协助执行通知书等方式执行冻结操作。
市场监督管理部门：
在民事诉讼中，如果法院作出冻结股权的裁定，市场监督管理部门会根据法院的通知执行冻结操作。
公安机关：
在刑事诉讼中，侦查机关如公安机关在侦查犯罪过程中，发现需要冻结股权以防止涉案财物被转移等情况时，会依法作出冻结决定，然后通过相关程序通知公司登记机关予以冻结。
税务机关：
在查处税收违法案件时，税务机关可以依据税收征管相关法律规定冻结股权，并通知相关的公司登记部门配合执行。
总结：
冻结股权的部门主要涉及人民法院、市场监督管理部门、公安机关和税务机关。具体执行过程中，法院负责作出冻结裁定并通知相关部门，市场监督管理部门、公安机关和税务机关则根据法院的通知或法律规定配合执行冻结操作。
