农村合作社主要 属于工商行政管理部门管理。具体来说，国务院工商行政管理部门负责全国的农民专业合作社登记管理工作，而农民专业合作社则由其所在地的县（市）、区工商行政管理部门进行登记。此外，县级以上人民政府农业主管部门和其他有关部门和组织也依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。
同时，国家通过财政支持、税收优惠和金融、科技、人才的扶持以及产业政策引导等措施，促进农民专业合作社的发展。国家鼓励和支持公民、法人和其他组织为农民专业合作社提供帮助和服务，并对发展农民专业合作社事业做出突出贡献的单位和个人予以表彰和奖励。
综上所述，农村合作社的管理涉及多个部门和层级，主要部门为工商行政管理部门，同时农业主管部门和其他相关部门也承担一定的指导和支持职责。
