天然水晶也能泛指石英，主要成分都是二氧化硅，区别他们就根据结晶是否完整，如果完整就是水晶，不完整就是石英。玻璃只是含有二氧化硅的熔融状态混合物，最大的区别水晶是天然的，玻璃是人工的。所以天然水晶不会像玻璃，里面会含有天然的冰裂棉絮。
石英石是比较常见的物质，一般和其他岩石共生，不透明，也不容易发生风化或者化学反应结构发生改变，它也不具有完整的晶面。但是水晶晶体透明，晶体内有丰富的包裹体。在自然环境中，水晶多与别的有微量物质的各种颜色的矿物石共生，比如花岗岩、金红石等，共生久了就会被水晶包裹，产生所谓的奇幻景象，也就是很多人说的异象水晶，比如绿幽灵，金发晶等。
小知识：石英中二氧化硅结晶完善是水晶，二氧化硅脱水后是玛瑙，二氧化硅含水胶体凝固是蛋白石，二氧化硅晶粒小于几微米是玉髓。
玻璃种就基本是完全纯净的，经过加工基本没有冰裂棉絮，很多人说水晶硬度高于玻璃，可以拿水晶划玻璃，这是没有必要的，首先说价值，水晶的价值高于玻璃，而且现在也有很多硬度很高的玻璃，没必要做伤害水晶的行为。
还有人说可以通过水晶双折射特征来分辨这两个的区别，这种特征确实是水晶的，不过观察到折射也是有条件的，天然水晶球直径5公分以上才能透过水晶看到双丝重影现象。
而且玻璃中也有天然矿物玻璃，水晶里面的黑曜石就是天然玻璃，天然水晶，也叫作“黑曜岩”，是因为火山喷发岩浆急速冷却而形成的天然水晶玻璃。
